Part.1 基礎編4脱プロトン分子［M－H］－（図4），ナトリウムイオン付加分子［M＋Na］＋などが含まれる．□イオンが結合開裂により，それより小さい質量の化学種を生成する反応をフラグメンテーションといい，生成したイオンをフラグメントイオンという．□同位体イオンによるピークを同位体ピークという．□一般にタンパク質，ペプチドの質量分析には，正の電荷をもつ正イオンを測定することが多い．□核酸などの陰性荷電物質の質量分析には，負の電荷をもつ負イオンを測定することが多い．□質量分解能はどれだけ近いm/zをもつ2つのピークを十分に分離できるかという質量分析計の性能を表している．質量分解能Mまたは正イオンM＋・負イオンM－・電子電子イオン化図3電子の脱離と付加による分子のイオン化質量100の分子から電子（0.0005）が1つ外れると，m/z＝（100－0.0005）/1＝99.9995の正イオン（M＋・）が生成する．質量100の分子から電子（0.0005）が1つ付くと，m/z＝（100＋0.0005）/1＝100.0005の負イオン（M－・）が生成する．Mまたは正イオン［M＋H］＋負イオン［M－H］－イオン化プロトンプロトン図4プロトンの脱離と付加による分子のイオン化水素原子（1.0078）から電子（0.0005）が外れるとプロトン（1.0073）になる．質量100の分子にプロトンが1つ付いた場合，m/z＝（100＋1.0073）/1＝101.0073の正イオン（［M＋H］＋），2つ付くと，m/z＝（100＋1.0073×2）/2＝51.0073の正イオン（［M＋2H］2＋）が生成する．質量100の分子からプロトンが1つ外れた場合，m/z＝（100－1.0073）/1＝98.9927の負イオン（［M－H］－），2つ外れると，m/z＝（100－1.0073×2）/2＝48.9927の負イオン（［M－2H］2－）が生成する．
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